Los límites que fijan las reglas y marcos, en que debe mantenerse la gestión de las intervenciones sobre los recursos hídricos y el agua, condicionan los procesos de gestión. Estos límites son tanto físicos como políticos, administrativos y legales.
El primer límite físico es obviamente es el límite territorial de la misma cuenca y de cada subcuenca incluyendo los límites de otras cuencas si hay trasvases. A su vez, en cada cuenca hay límites de ecosistemas o zonas ecológicas, límites de zonas de precipitaciones, de tipos de suelos y otros límites naturales.
Sobre los límites naturales se cruzan límites político-administrativos, de países, de regiones y comunas, de comunidades campesinas, de propiedades agrícolas y forestales, de centros urbanos y otros, como los límites de emprendimientos mineros, empresariales, parques nacionales, de jurisdicciones de organizaciones de usuarios, etc.
La gestión de las intervenciones en las cuencas y sus recursos hídricos y agua debe considerar todos estos límites por cuanto establecen los marcos de acción y de negociación tanto técnica como legal.
No es fácil para una organización de gestión de intervenciones, compatibilizar la gestión de intervenciones entre zonas delimitadas naturalmente con zonas delimitadas por razones políticas y administrativas.
Ejercer la gobernanza sobre límites naturales a partir de gobierno creado para gobernar sobre límites político-administrativos requiere una combinación de ciencia y arte para negociar entre lis actores involucrados. Por ello se establecen lis consejos de cuencas apoyados por equipos técnicos.