Por sus características, el manto freático de Yucatán es vulnerable a la contaminación.
Investigadores del tema coinciden en que el subsuelo está expuesto a muchos agentes contaminantes que cada día cobran mayor presencia con la actividad humana.
Los contaminantes emergentes son compuestos químicos nuevos que no están regulados por norma alguna y dentro de ellos están los productos farmacéuticos y artículos de cuidado personal, como jabones y cosméticos, cuyos desechos van a parar a las fosas sépticas o directamente al medio ambiente, con su consiguiente efecto contaminador muy poco estudiado hasta ahora.
En el caso de los medicamentos, hay personas que ingieren grandes cantidades, por diferentes razones, y el cuerpo no absorbe todo el principio activo del producto. Buena parte se desecha por medio de la orina.
Elsa Noreña Barroso, doctora Ciencias Marinas, investigadora de la Unidad Académica-Sisal de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), cuyo trabajo se enfoca en el estudio de contaminantes orgánicos en agua, sedimentos y organismos, dice que hay amplia variedad de sustancias que antes no se tomaban en cuenta y comenzaron a tener la atención de la comunidad científica en fechas relativamente recientes, ante su impacto en la vida diaria, y alerta sobre las diferentes vertientes del problema.